Ao Departamento de Atenção Básica (DAB) cabe desenvolver mecanismos de controle e avaliação dos serviços de atenção básica e prestar cooperação técnica a estados, municípios e Distrito Federal na organização de ações de atendimento básico, como o Programa Saúde da Família (PSF), Saúde Bucal, Diabetes e Hipertensão Arterial, Alimentação e Nutrição, Gestão e Estratégia, Avaliação e Acompanhamento.

Entre as funções do Departamento de Atenção Especializada (DAE) estão as de elaborar e avaliar as políticas de média e alta complexidade, ambulatorial e hospitalar do SUS e regular e coordenar as atividades do Sistema Nacional de Transplantes de Órgãos, Urgência e Emergência, Atenção Hospitalar.

O Departamento de Regulação, Avaliação e Controle de Sistemas (DRAC) é responsável pela elaboração da política de regulação assistencial. O DRAC também acompanha e avalia a prestação de serviços assistenciais e define os critérios para a sistematização e padronização das técnicas e procedimentos relativos às áreas de controle e avaliação, além de manter e atualizar um cadastro nacional de estabelecimentos de saúde.

Ao Departamento de Ações Programáticas Estratégicas (DAPE), compete articular, entre outros, os programas de Saúde Mental, da Mulher, do Trabalhador, do Jovem e Adolescente, da Criança, do Idoso, do Penitenciário, dos Portadores de Deficiência, de Trauma e Violência, orientando estados, municípios e Distrito Federal na execução dos mesmos.

O Departamento de Gestão Hospitar no Estado do Rio de Janeiro (DGH) integra operacional e assistencialmente os serviços de saúde vinculados ao Ministério da Saúde, ampliando sua eficiência e eficácia. Hoje, estão vinculados ao DGH 6 (seis) hospitais.